Eteläslaavilaisiin heimoihin kuuluvien kroaattien katsotaan saapuneen nykyisen Kroatian alueelle 700-luvulla kansainvaellusten myötä. Ennen tätä Kroatia tai Dalmatian maakunta oli ollut osa Rooman valtakuntaa.  Ennen roomalaisten saapumista kreikkalaiset olivat perustaneet siirtokuntia Etelä-Dalmatian saarille.

Kroaatit kääntyivät kristinuskoon jo 600-luvulla ja muodostivat herttuakuntia. Paavi kirjeenvaihdossaan tunnusti herttua Branimirin vuonna 879 kroaattien herttuaksi. Kroatiassa käytettiin jumalanpalveluksissa kansankieltä, jota kirjoitettiin glagoliittisin aakkosin.

Ensimmäiseksi kroaattien kuninkaaksi nousi Tomislav vuonna 925. Keskiaikainen kroaattien kuningaskunta päättyi tappioon vuoden 1097 Gvozdin taistelussa, jonka seurauksena kroaatit tunnustivat Unkarin kuninkaan hallitsijakseen. Tämä personaaliunioni jatkui aina ensimmäiseen maailmansotaan asti.

Turkkilaisten valtakunnan laajeneminen Balkanin niemimaalla muutti Kroatian rajamaaksi. Habsburgien valtakunta päätti muodostaa puskurivyöhykkeen tai niin sanotun sotilasrajan turkkilaisia vastaan. Ottomaanin valtakunta ulottui suurin piirtein nykyisen Bosnia-Hertsegovinan alueelle.

Nykyisen Kroatian rannikosta huomattavia osia kuului Venetsian tasavaltaan, kunnes Napoleonin sotien myötä Venetsian omistukset siirtyivät Habsburgeille.

Eurooppalaisen kansallisaatteen heräämisen myötä myös kroatialainen nationalismi kehittyi 1800-luvun aikana. 1800-luvun kroatialaiseen kansallisaatteeseen kuului eteläslaavien yhtenäisyys.

Itävalta-Unkarin tappio ensimmäisessä maailmansodassa johti valtakunnan hajoamiseen. Vuonna 1918 muodostettiin Jugoslavian kuningaskunta, joka tunnettiin myös sloveenien, kroaattien ja serbien kuningaskuntana. "Ensimmäisen Jugoslavian" valtionpäämies oli Serbian kuningas, joka poliittisten kriisien myötä julistautui vuonna 1929 yksinvaltiaaksi.

Toisen maailmansodan aikana Italia ja Saksa nostivat Kroatian johtoon fasistihallinnon, jonka johtaja oli Ante Pavelić. Pavelićin Ustasa -liike (Ustanak = kansannousu) sovelsi natsien rotuoppeja ja heidän perustamillaan keskitysleireillä murhattiin serbejä, romaneja, muita vähemmistöjä sekä poliittisia vastustajia. Hirmutöiden uhreja muistetaan vuosittain entisen Jasenovacin keskitysleirin paikalla.

Saksan sotaonnen käännyttyä Josip Broz Titon partisaanit valtasivat Kroatian. Titon johdolla perustettiin sosialistinen Jugoslavia, johon Kroatia kuului osatasavaltana. Tällöin määriteltiin Kroatian nykyiset rajat.

Jugoslaviassa heräsi 1970-luvulla uudistusliike, joka Kroatiassa päätyi "Kroatian keväänä" tunnettuun verettömään puhdistukseen. Kroatian keväässä uudistusmielisinä pidettyjä erotettiin tehtävistään ja kansallismielisinä pidettyjä jopa tuomittiin vankeustuomioihin.

Kroatiassa järjestettiin ensimmäiset vapaat vaalit vuonna 1990. Maan presidentiksi nousi Franjo Tuđman ja hänen HDZ -puolueensa. Kroatia julistautui itsenäiseksi vuonna 1991, mikä johti konfliktiin Slobodan Milosevićin johtaman Serbian kanssa. Kroatian serbit muodostivat oman tasavaltansa, joka kävi sotaa Kroatian armeijan kanssa. Vuosien 1991-1995 sodassa kuoli kymmeniä tuhansia ja vuoden 1995 operaatioissa Kroatia valloitti takaisin serbikapinallisten miehittämät alueet. Itä-Slavonia siirtyi vuonna 1997 YK:n rauhanturvaoperaation myötä Kroatian hallintaan.